2014年5月，安徽审计职业学院在原贸易经济系基础上组建成立商学系。目前商学系设有金融服务与管理、市场营销、现代物流管理、电子商务、商务管理和财富管理等6个专业，2024年拟增设网络营销与直播电商专业。其中物流管理专业为省级特色专业，市场营销专业为省级骨干专业；金融服务与管理专业、电子商务专业为院级特色专业；财富管理专业为院级重点专业。

商学系拥有一支爱岗敬业、师德高尚、教育观念新、改革意识强、教学水平高、实践能力强、结构合理的师资队伍。现有专兼职专业教师56人，其中教授3人，副教授11人，讲师18人、硕士46人；拥有高级营销师4人，高级物流师5人，高级电子商务师4人；拥有省级教学团队3个，省级专业带头人3人，省级教学名师3人，省级优秀教师1人，省级教坛新秀5人。专任教师中，“双师型”及双师素质教师比例在80%以上，行业兼职教师20余名，已形成由职业素质培养师、职业知识传授师、职业技能训练师构成的“三结合”育人团队。

商学系专业建设成果丰硕，获省级教学成果奖4项；已建设完成国家级在线精品课程1门，省级教学示范课6门，省级专业教学资源库1个；编写“十四五”国家级规划教材2部，省级规划教材1部，校企双元合作开发职业教育教材1部；主持省级、院级教科研课题40多项。在省级以上期刊公开发表教学科研论文100余篇；学院是金融专业国家教学资源库联合建设单位，商学系参与了金融专业核心课程的课程标准制定及15个资源中心的建设。2013年至2023年间，商学系在省级及以上技能大赛和学科竞赛中获奖合计291项。